In Wimbern wurden Spuren aus der Jungsteinzeit gefunden. Der erste schriftliche Nachweis über Wimbern findet sich in der kleinen Isenberger Vogteirolle, die vor dem Jahre 1220 entstanden ist.
Während der Mendener Hexenprozesse 1628-1631 wurden zwei Wimberner Männer als Hexer hingerichtet: Blesien Billi, der Frohne, und Franz Hellmich, der Lahme. Am 29. Oktober 1628 legten sie unter der Folter das verlangte Hexenbekenntnis ab, konnten aber aus dem Gefängnis im Turm der Stadtmauer fliehen. Sie stellten sich nach einigen Tagen freiwillig dem Gericht, um ihre Familien vor Vergeltungsmaßnahmen zu schützen, und wurden am 2. Dezember 1628 hingerichtet. Der Rat der Stadt Menden hat am 14. Dezember 2011 einstimmig beschlossen, die in Menden verurteilten Opfer der Hexenprozesse zu rehabilitieren.
Um 1820 wurde Wimbern zu einer wichtigen Station im Post-Transport des Postdienstes von Thurn und Taxis. Etwa 50 Jahre später war die Ära der Postkutschen bereits beendet, als die Eisenbahn gebaut wurde und damit Wickede mit dem neu erbauten Bahnhof ein zentraler Umschlagplatz wurde. Die alte Poststation "Am Schlünder" gegenüber dem ehemaligen Marienkrankenhaus ist heute eine Gaststätte.
Die Gemeinde Wimbern gehörte ehemals zum Amt Menden, Landkreis Iserlohn.
Seit dem 1. Juli 1969 ist Wimbern auf Grund des Gesetzes zur Neugliederung des Landkreises Soest und von Teilen des Landkreises Beckum ein Ortsteil der Gemeinde Wickede (Ruhr) im Kreis Soest.